熒光顯微鏡是一種較為常用的的光學顯微鏡，其基本原理是利用一定波長的激發光對樣品進行激發，使之產生一定波長的熒光，從而用于對樣品結構或其組分進行定性、定位、定量觀察檢測。熒光顯微鏡是用短波長的光線照射用熒光素染色過的被檢物體，使之受激發后而產生長波長的熒光，然后觀察。熒光顯微鏡廣泛應用于生物，醫學等領域。
透射式：激發光來自被檢物體的下方，聚光鏡為暗視野聚光鏡，使激發光不進入物鏡，而使熒光進入物鏡。它在低倍情況下明亮，而高倍則暗，在油浸和調中時，較難操作，尤以低倍的照明范圍難于確定，但能得到很暗的視野背景。透射式不使用于非透明的被檢物體。
落射式：透射式，新型的熒光顯微鏡多為落射式，光源來自被檢物體的上方，在光路中具有分光鏡，所以對透明和不透明的被檢物體都適用。由于物鏡起了聚光鏡的作用，不僅便于操作，而且從低倍到高倍，可以實現整個視場的均勻照明。
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